Le CNEF est composé de 30 unions d’Églises (mai 2014)
Les unions et fédérations d’Églises membres du CNEF sont réparties en 4 pôles :
On trouve également des unions actuellement non rattachées à un pôle, des unions associées et des unions en probation pour 2 ans.
Les unions du pôle des Églises protestantes évangéliques membres de la Fédération protestante de France et qui ont fait le choix de la double appartenance
Les unions du pôle Assemblées de Dieu
| UNADF | Union nationale des assemblées de Dieu de France |
| AMADR | Action missionnaire des assemblées de Dieu de la Réunion |
Les unions du pôle des Églises protestantes évangéliques rattachées au Réseau FEF (ex-Fédération évangélique de France)
| AECM | Alliance des Églises chrétiennes missionnaires de France |
| AEEBLF | Association évangélique d’Églises baptistes de langue française |
| AEEI | Alliance des Églises évangéliques interdépendantes |
| CAEF | Communautés et assemblées évangéliques de France |
| EEG | Église évangélique de la Guadeloupe |
| FECMIM | Fédération des Églises chrétiennes missionnaires Hmong |
| FM | France mission |
| France VIE | Union des Églises France VIE |
| MCEM | Mission chrétienne évangélique de la Martinique (membre des CAEF) |
| UEEF | Union des Églises évangéliques de frères |
| UEEHACF | Union des Églises évangéliques haïtiennes et afro-caraibéennes de France |
| VF | Vision France |
Les unions du pôle des Églises d’expression pentecôtiste et charismatique
| ECOC | Entente et coordination des œuvres chrétiennes |
| FECBC | Fédération des Églises et communautés baptistes charismatiques |
| FEPEF | Fédération des Églises du plein évangile en francophonie |
| NFF | Nouvelles frontières France |
Source : Le CNEF
Il souhaite ainsi rendre plus sensible la présence des évangéliques, développer leur action dans la société et être la voix des protestants évangéliques pour faire entendre, lorsque cela est jugé nécessaire, une parole appropriée.
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